Seglen var tillverkade av hampa och lin, vegetabiliska fibrer som normalt inte skulle ha överlevt, och de var därför så sköra att fibrerna föll sönder när de vidrördes. Arkelogerna fick skära seglen mitt itu och skjuta in järnplåtar under dem för att de skulle kunna tas ut ur förvaringsskåpen och lyftas upp genom luckorna.

Konserveringen påbörjades i oktober 1962. Eftersom seglen var så sköra kunde de inte bära upp sin egen vikt och de rengjordes och rätades ut under vattnet i stora grunda kar. Bottenslammet togs gradvis bort och de olika lagren separerades.

Liksom trä kan fibrerna i vattendränkta textilier kollapsa på grund av vattnets ytspänning, vilket leder till att de torkar ojämnt och krymper. Vasas segel torkades med alkohol och sedan xylen, ett lösningsmedel med ytterst låg ytspänning, men seglen var fortfarande extremt sköra och behövde förstärkning.

En ny metod togs fram av Vasas konservatorer där ett tätt vävt glasfibertyg målades med flera lager akryllösning som hade samma brytningsindex som glasfibrer. Tyget blev därmed i det närmaste osynligt. De sköra seglen fästes sedan på den stödjande strukturen med samma akryllösning i lägre koncentration.

På museet finns idag resterna av 650 kvadratmeter segel, varav de flesta förvaras i lådor i våra magasin. Ett segel är utställt i skeppshallen..