I Kungens skepp berättas Vasas tidigaste historia, från bygget till förlisningen med den efterföljande rättegången.
Utställningen börjar med ett möte mellan Kung Gustav II Adolf och Margareta Nilsdotter på skeppsgården vintern 1627. Margareta hade tagit över ansvaret för att leda bygget av Vasa efter att hennes make skeppsbyggmästare Henrik Hybertsson hade gott ur tiden under våren 1627. Han skymtas på väggmålningen inne i utställningen iförd röd jacka och hatt.
I utställningen finns också en modell som gestaltar förlisningsögonblicket och en fullskalig kopia av en dykarklocka, som användes vid bärgningen av kanonerna på 1600-talet. Reliefkarta i början av utställningen visar norra Europa sommaren 1628. Här kan du se Sveriges dåtida gränser, samt tidens mycket aktiva sjöfartstrafiken. Kartan ger även en bild av det krigshärjade Europa under 30-åriga kriget.
Utställningen avslutas med ett bildspel med röster från rättegången efter förlisningen, med det bevarade rättegångsprotokollet